それでは実際に青函トンネルを通ってみよう。青函トンネルを通過する定期旅客列車は、2007年10月現在、すべて在来線の特急列車である。普通列車は1本も通らないため、この区間（蟹田駅〜木古内駅）だけを乗車する場合には特急料金を支払わなくてもよく、普通運賃だけで乗車できる特別な区間になっている。ただし、蟹田駅か木古内駅を通り過ぎて、それ以前やそれ以降まで乗車してしまうと、全区間分の特急料金が必要になるので注意したい。（実際に利用するには蟹田、津軽今別のうちいずれかと、知内、木古内のうちいずれかの駅に両方停車する特急に乗らなくてはならない）
　青函トンネルを通過する列車は、昼間の特急と夜間の寝台特急に分かれる。東京や大阪、または札幌から直通するには寝台特急が便利だが、いずれも青函トンネルを夜間に通過してしまうので、景色を楽しむには昼間の特急である「白鳥号」または「スーパー白鳥号」に乗るのがおすすめだ。本数もほぼ1〜2時間に1本程度は走っている。

　青函トンネルのある線路は津軽海峡線と呼ばれている。これは愛称で、正式には青森側から、津軽線の一部、海峡線、江差線の一部、函館本線の一部の4つの路線から構成されている。津軽線だけがJR東日本の路線で、ほかは青函トンネル自体を含めてすべてJR北海道の路線である。
　津軽線や江差線はもともとローカル線だった線路を電化、改良しただけなので、現在でも単線で列車の行き違いが頻繁に行われる上、右に左に激しくカーブしながら走っていく。対して海峡線は新幹線の規格で設計されているため全線が複線になっており、高架とトンネルの連続でカーブも非常に緩やかで、揺れが少なく高速走行が可能になっている。函館本線は、五稜郭〜函館間の最後の一駅だけで、もともと複線の函館本線をここだけ電化して利用している。

　では青森駅から特急スーパー白鳥号に乗って青函トンネルを通過し、北海道へと旅行してみよう。青森駅を出発した列車は進行右側に急カーブを繰り返しながら、津軽線へと入っていく。八戸方向からそのまま乗ってきた人は、青森駅がスイッチバックになっている関係で、列車の進行方向が反転する。スイッチバックになっている理由は青函連絡船があったからだ。昔はここでそのままレールが桟橋に停まった連絡船へと続いていた。港につっこむ形で終着していたのだ。
　最初はのどかな田園風景の中を津軽半島を北進する。津軽線内は元ローカル線のため単線でカーブもきつい。列車によっては停車駅でないところでも停まって、反対列車をやり過ごしたりしながら進んでいく。やがて右側に青い海原が姿を現す。陸奥湾である。対岸には下北半島や北海道が見渡せる、ここが津軽海峡だ。
　海を眺めていると程なく蟹田駅に到着だ。青森から約30分。時刻表では蟹田駅に停車しない列車でも、乗務員の交代（JR東日本の乗務員とJR北海道の乗務員の交代）があるため、実際にはほぼ必ず停車する。

　青函トンネルの通過を体験したいという人は、ここらへんでそろそろ起きて準備をした方がよいだろう。蟹田を発車すると、次の駅が中小国だ。この駅はJR東日本とJR北海道の境界駅だが、本当に小さな無人駅で、青森→函館の場合は進行方向左側に小さなホームがちょこんとあるだけなので見落とす場合も多い。しかし青函トンネルに入る瞬間を味わうためには重要なランドマークになる駅なので、できれば確認しておきたい。
　中小国を通過すると、列車は速度を落として左右に揺れながらポイントを通過する。新中小国信号所に到着だ。新中小国信号所は田んぼの真ん中に左右何本かのレールがあり、列車の行き違いができるようになっている場所である。ここでJR北海道の線路に入ったことになる。今まで走ってきた津軽線が左に細々と分岐していき、列車は右に緩やかにカーブしながら高架線を上っていく。
　すぐに最初のトンネルに入るが、ここからが高規格で作られた海峡線の区間だ。複線になり、線路の状態も良くなるので列車の速度が上がる。また、揺れが一気に少なくなるのが体感できる。海峡線の区間は新幹線がすぐにでも走行できるように設計されているが、現在はそこに在来線の線路だけを敷いて走っている。在来線の列車からするとオーバースペックなほど状態の良い線路を走行するわけだ。
　いよいよ青函トンネルが近づいてきた。青函トンネルの前後には、本州側、北海道側ともにいくつかのトンネルが連続している。そのため、いつ青函トンネルに入るのかが非常にわかりにくい。中にはせっかく楽しみにしていたのに、あまりにトンネルが多くて飽きて眠ってしまい決定的瞬間を見逃したという人や、知らない間に青函トンネルに入ってしまってがっかりしたという人もいる。昼間の特急である白鳥号やスーパー白鳥号では、各車両についている電光掲示板に「まもなく青函トンネルに入ります」という案内が表示されるようになっている（特にスーパー白鳥号では前後のトンネルの名称等も含めて、かなり詳細な案内が表示される）が、夜間の寝台特急ではそういう案内はない。そこで誰でも確信できる青函トンネルの入り方を紹介しよう。

　まず青森側から入る場合。新中小国信号所は一番見分けやすいので、ここからカウントを開始する。新中小国信号所を過ぎると高架になり右にカーブして最初のトンネルに入る。ここから通過したトンネルの数を数えていくこと。
　トンネルを2個通過すると（2個目のトンネルはかなり長いので寝てしまわないように注意）、小さな駅がある。津軽今別駅だ。本州側最後の駅で、JR北海道の駅の中では唯一本州にある駅である。この駅を通過したら（津軽今別に停車する列車に乗った場合にはここから数え始めても良い）、またトンネルを数えよう。津軽今別駅を通過してから8個目のトンネルが青函トンネルである。まとめると、新中小国信号所→（トンネル2個通過）→津軽今別駅→（トンネル7個通過）→青函トンネル、である。
　青函トンネルの入り口（入ってすぐのところ）の下には、青い蛍光灯が何本かついているので、それで青函トンネルを見分けることができる。また、ほとんどの列車が青函トンネルに入るときには汽笛を鳴らしてくれるようである。
　青函トンネルに入ると、あとは約40分ほどずっと暗闇のままである。トンネル内は気温と湿度が年間を通してほぼ一定なので、冬なら車内の温度がぐっと上昇する（トンネル内は20度ほどになる）。そのため、暖房から通風にエアコンが切り替わったりする。また窓ガラスが曇ったり、水滴がついたりすることもある。

　ちなみに青函トンネルの中を走行している時は、とてもうるさい。轟音がするという表現が近いほどなので、敏感な人は耳栓などの何らかの対策をおすすめする。特に寝台列車では起きてしまうことがあるので要注意である。
　10分ほど走るとで蛍光灯がいくつも並んでいる場所を通過する。ここが竜飛海底駅である。この駅から先、吉岡海底駅までの間が本当に海底部分を走行する区間だ。ちょうどこの駅の位置が地上では波打ち際になっている。
　さらに10分ほど走ると、列車の足下に青と緑の蛍光灯がついている区間を通過する。蛍光灯の数が少なく一瞬で通過してしまうので、気をつけて見てほしい。ここが青函トンネルの最深部。海面下240mの地点だ。今あなたの頭上には約100mの海底の地面があり、その上に140mの厚さの津軽海峡の海水が広がっている。日本の鉄道で一番深い部分を通っているのだ。
　また10分ほどすると、再び蛍光灯が並んだ区画を通過する。吉岡海底（臨時）駅。北海道側の海と陸の境界点である。ここからは出口を目指して、北海道の大地の下を走っていく。そして最後の10分の暗闇を通過すると突然光が差し込んでくる。ついに北海道に出たのだ。
　北海道に出るとすぐに知内駅を通過する。そしてトンネルを8個通過すると木古内駅に到着だ。ここからはまたローカルの旅に戻る。江差線である。線路は単線に戻り、海岸線に沿って左右に何度もカーブする。車両もかなり揺れる。やがて車窓右手に函館山が見えてくると、五稜郭、そして終着函館はすぐそこだ。

　今度は反対に北海道側から青函トンネルに入るまでを紹介しよう。木古内駅を出ると列車はすぐに高架の海峡線に入る。トンネルを8個抜けると少し開けた場所になり、知内駅を通過する（もちろん停車する列車もある）。知内駅を出発して次のトンネル（最初に入るトンネル）が青函トンネルである。こちらの方がわかりやすい。
　正確には、知内駅を出て最初に入るトンネルは青函トンネルではなく、湯の里第一トンネルという長さ1.2Kmのトンネルであり、これに続いて非常に短いシェルターに覆われた区間（川を乗り越えている）を挟んで青函トンネルになるのだが、乗っている人にとっては併せて1本のトンネルのようにしか見えないし、車内案内でも最初のトンネルに入ったときに「青函トンネルに入りました」と表示されるので、そういう解釈で良いと思う。
　こちらにも青い蛍光灯が足下についているので、それで判別することができる。木古内駅→（トンネル8個通過）→知内駅→青函トンネル（正確には湯の里第一トンネル）である。